Dalam menjalankan program, Gemapalu terbuka untuk menjalin kemitraan dan kerjasama, selama tidak bertentanga dengan prinsip dan nilai – nilai :
   – Penghormatan pada HAM
   – Kesetaraan Gender
   – Toleransi
   – Solidaritas
   – Tidak merusak lingkungan dan kearifan lokal

Kerjasama yang dilakukan Gemapalu selama ini ada bebarapa hal :
   – Kerjasama dengan Lembaga Donor / Funding
   – Kerjasama Program penelitian dan riset
   – Kerjasama Program non budgeter
   – Kerjasama Pemasaran dan Pengembangan SDM
   – Kerjasama advokasi dan kampaye